Enfermé dans la glace depuis 60 ans, le super soldat Captain America est retrouvé par le général Nick Fury qui a besoin de ses compétences de leader pour monter une équipe de super-héros. Malgré leurs différences, les Vengeurs vont désormais travailler ensemble pour contrer une invasion extraterrestre. Mais c'est sans compter le danger que représente l'un d'eux...

Suite à l'importance prise par le problème mutant et la fin du programme Weapon X, le gouvernement américain investit des sommes énormes dans le programme de création de super-soldats. Nick Fury, devenu le chef du SHIELD, avec l'aide de Bruce Banner (Hulk) et Hank Pym (Giant-Man) met sur pied une équipe dans laquelle il va intégrer des personnages puissants tels que Iron Man ou Thor.