Conçu par Sanuk Games, Navy Commander est un classique jeu de bataille navale. La grille de jeu standard est numérotée de 1 à 10 horizontalement, et de A à J verticalement. Il est toutefois possible de choisir des grilles de 15 x 15 ou 20 x 20, même si la zone de jeu dépasse alors de l'écran tactile de la Nintendo 3DS. Conventionnellement, les joueurs placent des pions blancs sur la grille lorsque les coordonnées n'ont pas touché de bateau adverse, et rouge lorsqu'une touche a été faite. Chaque joueur possède les mêmes navires, dont le nombre et le type dépendent des règles du jeu choisies. On retrouve donc ici 1 porte-avions (6 cases en mode standard),  1 croiseur (4 cases), 1 contre-torpilleur (3 cases), 1 sous-marin (3 cases) et 1 torpilleur (2 cases). Bien sur, il est possible de modifier la difficulté ou encore la durée de chaque tour. Le titre présente des armes spéciales, le radar qui permet de sonder un secteur d'océan, la double attaque qui offre un deuxième tir, ou encore une missile à tête multiples qui s'attaque à neuf cases en croix. Les armes peuvent être récupérées sur les cases d'océan sans bateau.

Sur le plan technique, Navy Commander affiche des graphismes relativement standards. On retrouve essentiellement une grille sur l'écran tactile, et quelques animations sur l'écran supérieur (avec un effet 3D stéréoscopique bien peu convaincant). La prise en main est simple, le stylet permet de placer ses bateaux sur l'écran tactile, l'écran supérieur présentant pour sa part l'état de sa flotte. Le titre intègre également du multijoueurs, et il est permis de jouer à deux sur une même console (chacun son tour) ou bien en réseau local avec une seule cartouche. Côté son, on retrouve une seule musique pendant toute la durée de la partie, ce qui tend à lasser rapidement.