Hana et ses deux enfants, Ame et Yuki, vivent discrètement dans un coin tranquille de la ville. Leur vie est simple et joyeuse, mais ils cachent un secret : leur père est un homme-loup. Comme ils rencontrent des difficultés croissantes à masquer leur double identité, leur mère décide de déménager à la campagne ; ils emménagent dans un village proche d'une forêt luxuriante.

Comme son nom le suggère, Les Enfants Loups nous raconte l'histoire d'une jeune femme qui tombe éperdument amoureuse d'un homme loup, et qui a mettre au monde deux enfants, Ame et Yuki, mi-humains mi-loups. L'idée pourra sembler un brin étrange, mais ce sera l’occasion pour nous de découvrir les difficultés bien concrètes que cela ne va pas manquer de poser, surtout que la disparition accidentelle du père va compliquer sensiblement les choses pour Hana. Les enfants devront quant à eux apprendre à utiliser leur double identité, avant d'enfin choisir la voie qu'ils désireront emprunter. Outre l'heure des choix, le film pose une histoire d’amour maternel et de complicité filiale, de rapports humains faits d’amitié, et davantage encore ...