Shojo de son état, l'Académie Alice narre les aventures de Mikan et Hotaru, deux jeunes filles élevées ensembles dans un petit village à la campagne, et meilleures amies du monde. Mais un jour, Hotaru change soudainement d'école pour intégrer une académie à Tokyo. Mikan décide de suivre Hotaru et se retrouve devant l'Académie Alice. Celle-ci est une école élitiste, où n'est admis qu'un genre très particulier de surdoués. En effet, les élèves possèdent des pouvoirs spéciaux appelés Alice, et il leur est interdit de sortir de l'école ou de communiquer avec leurs proches.

Mikan apprend que la Saint-Valentin est un véritable enfer pour tous les garçons populaires. En effet, les filles amoureuses n’hésitent pas à trafiquer les chocolats qu’elles comptent offrir en les mélangeant à leurs Alices, afin d’influencer les sentiments de ceux qu’elles aiment… Un peu plus tard, nos jeunes élèves doivent choisir un instrument de musique pour fêter le passage à l’âge adulte d’Otonashi lors d’un grand concert.