Sasahara a désormais parfaitement réussi son intégration au Genshiken. Il est temps d'aller à une convention chercher de nouveaux fanzines, mais à leur retour, l'université va annoncer une bien mauvaise nouvelle. En effet, elle a décidé de fermer ce club, en raison de "leur manque d'activités officielles". Entre dépit et consternation, les membres du Genshiken accueillent la nouvelle comme un coup de tonnerre, et sont résignés à quitter le navire. Mais, Saki ne l'entend pas ainsi, et a décidé de lutter pour que le club poursuive ses activités. Cela sera t-il suffisant ?

Saki va pourtant commettre une nouvelle désillusion. Ce dernier a en effet mis accidentalement le feu au local à poubelles, ce qui complique encore davantage l'avenir du Genshiken. Mais l'activité du club semble se poursuivre avec la tenue d'un concours de cosplay, ces fameux déguisements Japonais aux couleurs de personnages d'anime ou de jeux vidéo. Sasahara souhaite participer au ComiFest, mais c'est alors que deux nouveaux membres s'installent au Genshiken. Et ils ne semblent pas simples à gérer ...