A Certain Magical Index est l'adaptation d'une light lovel écrite par Kazuma Kamachi et illustrée par Kiyotaka Haimura. Ce manga comporte actuellement 19 tomes au Japon aux éditions Square Enix, et est toujours en cours de parution. Le héros principal de l'histoire, Tôma, a le pouvoir d'annuler tout pouvoir surnaturel, appelé l'"Imagine Breaker", rien qu'en touchant une personne avec sa main droite. Mais dans la Cité Académique, la ville fourmillante d'étudiants en sciences occultes où il vit, cette capacité ne lui attire aucune estime. Comble de l’ironie, à chaque fois qu’il utilise son pouvoir, une terrible malchance s’acharne sur lui. Un jour pourtant, il va faire la rencontre d'une nonne de l'Église d'Anglicane, Index, qui est poursuivie par l'organisation de la Kaballe parce qu'elle a mémorisé une connaissance interdite de 103.000 volumes de magie. Alors que Stiyl Magnus et Kanzaki Kaori veulent effacer la mémoire d'Index uniquement pour son bien, Tôma intervient et cherche un moyen de la sauver. L'Église d'Anglicane a en effet placé un sceau dans le corps d'Index pour préserver les grimoires et un système de défense anti-vol vient d'être activé. Pour ne rien arranger, Tôma a remporté un voyage en Italie d'une semaine. Un cadeau très étonnant lorsque l'on connaît sa malchance légendaire. Il décide malgré tout de s'y rendre, en compagnie d'Index. A leur arrivée, ils retrouvent la nonne Orsola sans se douter du danger qui la menace.

Tôma n'est pas le seul à sortir de convalescence. Accelerator, autrefois le plus puissant esper de la cité académique, se remet doucement d'une lourde bataille. Il va pourtant devoir protéger Last Order, une petite fille très espiègle et qui est le portrait craché de Mikoto. Amata Kihara, un chercheur qui a participé aux expériences sur l'esper, parvient à le frapper et donc annihiler ses capacités. Pire, la petite fille disparaît et Index décide de s'en mêler. De son côté, Tôma découvre que des anti-skill mobilisés lors d'une attaque contre la Cité Académique tombent évanouis les uns après les autres. Le responsable n'est autre que Vento, un mage qui a pour objectif de semer le trouble à travers la ville. Ce volume 18 n'est composé que d'action, et il arrive que les personnages se croisent pour mieux se séparer ensuite. Cependant, Tôma et Accelerator ne partagent pas du tout la même méthode, le premier est prêt à tout pour protéger les siens, le second n'hésitera pas à causer des pertes collatérales pour sauver Last Order.