A Certain Magical Index est l'adaptation d'une light lovel écrite par Kazuma Kamachi et illustrée par Kiyotaka Haimura. Ce manga comporte actuellement 15 tomes au Japon, et est toujours en cours.  Le héros principal de l'histoire, Tôma, a le pouvoir d'annuler tout pouvoir surnaturel, appelé l'"Imagine Breaker", rien qu'en touchant une personne avec sa main droite. Mais dans la Cité Académique, la ville fourmillante d'étudiants en sciences occultes où il vit, cette capacité ne lui attire aucune estime. Comble de l’ironie, à chaque fois qu’il utilise son pouvoir, une terrible malchance s’acharne sur lui. Un jour pourtant, il va faire la rencontre d'une nonne de l'Église d'Anglicane, Index, qui est poursuivie par l'organisation de la Kaballe parce qu'elle a mémorisé une connaissance interdite de 103.000 volumes de magie. Alors que Stiyl Magnus et Kanzaki Kaori veulent effacer la mémoire d'Index uniquement pour son bien, Tôma intervient et cherche un moyen de la sauver. L'Église d'Anglicane a en effet placé un sceau dans le corps d'Index pour préserver les grimoires et un système de défense anti-vol vient d'être activé.

Alors que le Championnat des étoiles, un tournoi opposant tous les établissements scolaires de la Cité Académique, est sur le point de se terminer, Toma et ses compagnons doivent retrouver Oriana Thomson, une transporteuse missionnée par l'Église catholique romaine, chargée de livrer un redoutable artefact, la "Croce di Pietro". Cette dernière semble prête à tout pour conserver l'avantage et blesse mortellement Asia, qu'elle prend pour un membre de l'Église anglicane. Tôma est prêt à tout pour la retrouver.  Mais ce ne sont pas deux personnages qui vont s'affronter, mais plutôt deux idéologies. L'occasion de replonger alors dans le passé d'Oriana. Quant à Index, elle s'avère présente dans pratiquement tout ce volume, tout juste marque t-elle une apparition dans les dernières pages. Après la bataille comme toujours.